自批准建设以来,实验室取得系列突破性研究成果,累计获得国家、科技部/教育部、广东省市等各级奖励60余项,其中国家科技进步奖创新团队奖1项、全国创新争先奖2项、国家科技进步一等奖1项、二等奖7项。获批/主持国家级项目710余项,省部级项目430余项。以第一或通讯作者单位在国际顶级期刊发表SCI论文4100余篇。制定新冠等病毒防控、肺功能检查、咳嗽等指南50余部,专家共识80余部,为制定临床试验规范、行业标准提供科学依据。累计获授权专利620余项,其中发明专利380余项、实用新型专利200余项、软件著作权50余项、外观设计专利12项。
国家科学技术进步奖创新团队——钟南山呼吸疾病防控创新团队(2021);
全国创新争先奖(团队)——广州医科大学新冠肺炎疫情防控研究南山团队(2020);
国家科学技术进步奖二等奖——肺癌微创治疗体系及关键技术的研究与推广(2018);
国家科学技术进步奖二等奖——《全民健康十万个为什么》系列丛书(2016);
国家科学技术进步奖二等奖——慢性阻塞性肺疾病发病与综合防治(2015);
国家科学技术进步奖一等奖——我国首次对甲型H1N1流感大流行有效防控及集成创新性研究(2014;参与单位);
国家科学技术进步奖二等奖——支气管哮喘分子发病机制及诊治新技术应用(2013;第二单位);
国家科学技术进步奖二等奖——呼吸衰竭的发病机理与治疗研究(2009;第二单位);
国家科学技术进步奖二等奖——广东省传染性非典型肺炎(SARS)防治研究(2005)。